本发明公开了一种有机水系覆盖实现原位控制煤矸石污染的方法，包含以下步骤：a、堆放场地选择和防渗处理：选择的凹地、矿坑或其他堆放场地等，具有自然防渗要求或进行人工防渗处理，使其达到防渗要求；b、矸石堆放及进行有机水系覆盖处理：在煤矸石堆放的同时或堆场达到堆放容量以后，使用高浓度有机废水，如养殖粪污、沼液或垃圾渗滤液进行水系覆盖处理；c、日常维护或后继深度处理：煤矸石堆场定期监测浸没液氧化还原电位和补充有机废水，或对矸石堆场进行表面覆盖或植被生态修复。