本发明提供一种MOS晶体管的制造方法，首先通过第一次激光脉冲退火和/或激光闪光退火激活源/漏极区的掺杂离子并控制掺杂离子的扩散，提高载流子迁移率；然后再在半导体衬底和栅极结构表面上沉积应力盖层作为临时应力源，并通过第二次激光脉冲退火和/或激光闪光退火将应力盖层的机械应力转移到栅极结构中，以获得高应力性能的器件沟道区；进一步地在移除应力盖层的器件表面形成接触孔刻蚀停止层，提高载流子迁移率。因此，本发明的MOS晶体管的制造方法制得的器件具有更高的驱动电流，适用于NMOS和PMOS晶体管的制造。