本发明提供一种浅沟槽隔离结构的制作方法，包括：在半导体衬底上依次形成氧化层和刻蚀阻挡层；刻蚀形成沟槽；沉积掺碳氮化硅材质的衬垫层覆盖所述沟槽的底面和侧壁；进行热氧化工艺和退火工艺；沉积隔离材料填充所述沟槽；进行化学机械研磨；刻蚀去除浅沟槽外的衬垫层、所述刻蚀阻挡层、所述氧化层以及部分隔离材料，形成浅沟槽隔离结构。通过在刻蚀形成沟槽后，覆盖掺碳氮化硅材质的衬垫层，进行热氧化工艺和退火工艺，使掺碳氮化硅中部分氮化硅变为氮氧化硅，且掺碳氮化硅中的碳进入衬垫层与沟槽相接界面处，从而抑制硼掺杂的扩散进入浅沟槽隔离结构，避免掺杂区中硼掺杂浓度的减少，从而保护半导体器件的掺杂区浓度，提高半导体器件的性能。