本发明公开了一种自对准硅基光纤夹具及制造方法，夹具单元本体材料为硅；单个夹具单元厚度为200至700微米；夹具由导向孔和限位孔组成，导向孔大于限位孔。本发明使用成熟的半导体制造工艺，使用常用的硅片作为基板进行自对准硅基光纤夹具的制造，同时利用光刻设备对其尺寸和距离等物理尺寸进行严格控制，可以实现亚微米级的限位精度，远高于目前常用的机械加工方式。同时通过超大规模集成半导体工艺，单片硅片上可以大批量产生规格相同，严格受控的夹具单元，大大降低了单个夹具单元的成本，和传统的机械加工方式比，具有明显的成本优势。