本发明提供一种MEMS微结构的制备方法，包括以下步骤：提供半导体衬底；在所述半导体衬底表面形成聚酰亚胺牺牲层并预固化；在所述聚酰亚胺牺牲层表面形成掩膜层；去除形成在所述半导体衬底边缘部分的所述掩膜层；去除未被所述掩膜层保护的所述聚酰亚胺牺牲层；去除剩余的所述掩膜层；固化所述聚酰亚胺牺牲层。根据本发明实施例的方法，可以避免MEMS微结构制备过程中芯片边缘的结构层发生破裂的现象，提高MEMS微结构的片内成品率，有利于获得品质均一的悬空微结构。