本发明公开了一种自对准石墨烯场效应晶体管及其制备方法，该自对准石墨烯场效应晶体管包括半导体衬底、绝缘层、导电通道、源电极、漏电极、栅介质层、栅金属和自对准金属，其中，绝缘层形成于半导体衬底上，导电沟道形成于绝缘体上，导电沟道由石墨烯构成，源电极和漏电极分别形成于导电通道的两侧，栅介质层选择性沉积在源电极和漏电极之间的导电沟道上，栅金属形成于栅介质层之上，栅介质层与栅金属同时图形化堆砌在一起形成栅堆积层，对沟道区载流子浓度进行调控；自对准金属层覆盖源电极、漏电极、导电通道以及栅金属之上，减小未被栅条覆盖区域面积，实现器件栅与源漏的自对准。