本发明提供一种MEMS器件的真空封装结构及其制作方法，通过在半导体层上刻蚀环形隔离槽将孤岛从所述半导体层中隔离出来，且使孤岛从密封环内延伸到密封环外，并通过半导体层与下基板键合，实现从孤岛上的焊盘、孤岛、下基板引线直至所述MEMS器件的结构区域的内外电连接，最后真空键合上基板并开窗口露出焊盘以完成真空封装。为保证MEMS器件真空封装结构的气密性，环形隔离槽上方的绝缘层、及位于绝缘层上方的隔离槽保护环和密封环起到了至关重要的作用。本发明工艺简单、成本低且真空封装结构体积小，与CMOS工艺的完全兼容使其有较好的扩展性和较广的使用范围。