本发明公开一种海胆个体标记方法，其特征在于：所述的方法按照以下步骤进行：首先对镊子、剪刀、橡皮筋进行消毒处理；选取状态好、棘刺完整的海胆个体；将不同颜色橡皮筋用剪刀剪成小段，并将橡皮筋插在棘刺上，将橡皮筋向下压紧在棘刺的中下部，用剪刀将橡皮筋的多余部分修剪掉；标记完成后将海胆放回养殖池内进行混养；定期对标记的个体进行检查，如发现橡皮筋脱落或不明显等情况则对该个体进行重新标记。这是一种操作简便，行之有效的海胆个体标记方法。