本发明公开了一种利用濒危水生物重建生态系统的方法，该方法步骤如下：4月上旬培育壅菜苗，5月上旬移栽壅菜并进行管理；4月上旬种植野莲并进行管理；4月上旬种植野芡并进行管理；5月初养殖罗非鱼并进行管理；5~11月采收壅菜；7~9月采收莲子；9月中、下旬采收野芡果实；9月底捕捞罗非鱼；12月将野莲和野芡的茎叶清出水体。通过本发明的方法重建生态系统一年后，抢救了濒临灭亡的水生物，同时净化了水质，达到了重建生态系统的目的。利用罗非鱼吃藻类的特性，使得蓝藻爆发期工程内比工程外的藻类个数平均削减率达84.63%，工程内与工程外蓝藻差异显著，使用本发明的方法实施的工程效益显著。