本发明涉及衬底处理设备、控制该设备的程序及制造半导体器件的方法。衬底处理设备包括安装架、盖子开启和关闭单元、衬底核查单元、衬底传送机构、衬底处理单元以及控制器。在衬底处理单元处理安装在安装架上的第一衬底容器中的衬底的同时，当第二衬底容器被安装在安装架上时，控制器提供控制以将第二衬底容器的盖子开启且通过衬底核查单元来核查第二衬底容器中的衬底，并且当衬底核查结束时，控制器提供控制以将第二衬底容器的盖子关闭。