一种垂直结构的半导体发光器件制作方法，其包含如下步骤：1）提供一透光衬底，在其正面上制作一图形化过渡层，构成图形化衬底；2）在所述图形化衬底上依次外延生长发光外延层，其自下而上至少包括：缓冲层、n型导电层、发光层、p型导电层；3）在所述发光外延层之上制作欧姆接触层、键合层；4）提供一导电基板，通过所述键合层将所述发光外延层与导电基板粘结；5）减薄所述透光衬底；6）在所述透光衬底背面上定义N电极区域，该N电极区域与所述图形化过渡层对应，采用激光蚀刻所述N电极区域的透光衬底至预设深度；7）采用干法或湿法蚀刻，依次从所述N电极区域蚀刻至露出n型导电层；8）在露出的n型导电层上制作n电极。