本发明公开了一种制作金属硅化物的方法及应用其的半导体结构。该制作金属硅化物的方法，包括下列步骤：提供一衬底，衬底具有一第一区域与一第二区域；形成一硅层于衬底上；进行一平坦化工艺，以使硅层具有一平坦表面；移除部分硅层，以在第一区域形成多个第一栅极并在第二区域形成多个第二栅极，该多个第一栅极的高度大于该多个第二栅极的高度，且该多个第一栅极与该多个第二栅极具有水平面高度一致的上表面；形成一介电层于衬底上，介电层覆盖该多个第一栅极与该多个第二栅极，并显露出该多个第一栅极与该多个第二栅极的上表面；形成一金属硅化物于该多个第一栅极与该多个第二栅极的上表面。