本发明公开了一种半导体器件中双层保护层的制作工艺方法，包括步骤如下：提供一已制作好顶层金属图形的硅片；感光性聚酰亚胺的旋涂、烘烤；非感光性聚酰亚胺的旋涂、烘烤；光刻胶的旋涂、烘烤；使用具有保护层图形的掩膜版进行曝光；显影同时去除曝光区域的光刻胶、非感光性聚酰亚胺以及底部的感光性聚酰亚胺，形成双层聚酰亚胺保护层结构，并使得顶层金属连线露出；用光刻胶剥离液去除光刻胶；非感光性和感光性聚酰亚胺同时固化。本发明方法只使用了一次光刻，和现有技术相比，本发明节约了一次光刻和一次刻蚀的过程，同时也节省了一块掩膜版，有效的简化了工艺流程，节约了生产成本。