本发明涉及一种具有生物滤池的净化系统和利用该系统进行净化水体的方法。一种包含折叠式分层生物滤池的净化系统，包括（a）育苗池或养殖池、（b）生物滤池和（c）反冲洗池，所述（b）生物滤池中设有隔板，所述隔板使所述（b）生物滤池中的水从上层到下层折叠流向；所述隔板上设有沉性填料，所述（b）生物滤池的水体上层还设有浮性填料。本发明只涉及一个生物滤池，通过对生物滤池的改造，利用隔板将生物滤池的中下层分层，有效利用生物滤池的水体空间，节省面积，操作方便。本发明在培养生物膜时，还采用了养殖池池壁和池底刮下的污泥进行生物膜培养，有利于水体中特定的营养盐降解细菌的生长繁殖，挂膜时间短，运行稳定。