本发明提供一种沟槽式功率半导体结构的制造方法。所述方法包括下列步骤：提供基板并形成第一磊晶层于基板上；形成介电层在第一磊晶层上；形成遮蔽层于介电层上，并移除部分遮蔽层与介电层，以形成遮蔽结构与介电结构在第一磊晶层上，其中遮蔽结构堆栈在介电结构上；以选择性磊晶成长技术，形成第二磊晶层覆盖在裸露的第一磊晶层上，并环绕介电结构与遮蔽结构；移除遮蔽结构以形成沟槽在介电结构上方；形成栅极氧化层在沟槽的内侧表面，形成导电结构在沟槽内；上述第二磊晶层内具有以磊晶成长或是离子植入方式形成的本体区与源极区。本发明制造过程简单，可以准确地控制栅极沟槽底部的氧化层厚度，并且降低栅极电荷，以达到降低切换损失的效果。