一种罗非鱼配套系内保种、筛选和制种方法，包括以下步骤：遗传变异丰富的配套系基础群体的构建、配套系内家系生产、管理的操作程序的制定、配套系内个体的标记及重要生产性状的遗传评估分析和配套系内个体选配方案的制定，本发明还提供一种利用所述方法建立的配套系进行两系配套间的杂交制种方法。本发明具有针对性虽、选育效率高、能有效防止配套系亲本近交衰退等特点，罗非鱼杂交良种收获体重比对照组产均提高30％以上，养殖存活率也明显高于对照组。为鱼类良种的培育开辟了新的技术途径，尤其是在鱼类杂交育种中配套系的保种、筛选和制种中应用新的选育方法，也适宜在所有养殖鱼类中推广应用，推广应用前景广阔。