本发明提供了一种半导体器件主动区失效分析样品的制备方法，以氢氟酸与乙酸的混合溶液替代现有技术中单纯使用氢氟酸去除氧化层，相对于单纯使用氢氟酸的强腐蚀性，由于在混合溶液中的乙酸同时也电离出氢离子，可抑制氢氟酸的电离，避免腐蚀过程中过多的氟离子参与反应，因此，可使得腐蚀过程中减小损伤或不损伤半导体器件的主动区；使用超声波振荡半导体器件可使低于主动区表面的多晶硅层突出，便于后续使用多晶硅胶去除多晶硅层，避免了在去除多晶硅层的过程中对半导体器件主动区的损伤。