本发明涉及一种制造金属氧化物半导体存储器的方法。于半导体基底的多个有源区上形成隧穿层、位于隧穿层上的多个浮置栅极、位于多个浮置栅极上的垫层、和围绕有源区的沟槽。形成第一氧化物层，使它填满沟槽和多个浮置栅极两两间的空间。将垫层移除。于多个浮置栅极上和第一氧化物层上形成氧化物-氮化物-氧化物层(简称ONO层)。于ONO层上依序形成控制栅极材料层及栅极导体层。对栅极导体层、控制栅极材料层、和氧化物-氮化物-氧化物层通过图形化的硬掩模进行蚀刻，以于多个浮置栅极上形成和多个有源区相交的多个栅极导体线和多个控制栅极线。如此，ONO层不沿着浮置栅极侧壁形成，所以没有栏状突出物的问题。