本发明提供了一种兽发酵床三元复合菌剂，由复合菌剂Ⅰ、复合菌剂Ⅱ和复合菌剂Ⅲ组成，所述的复合菌剂Ⅰ为启动菌剂，由康宁木霉、地衣芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌组成；所述的复合菌剂Ⅱ为维护菌剂，由褐球固氮菌、粪肠球菌、侧孢芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌组成；所述的复合菌剂Ⅲ为堆积菌剂，由米曲霉、链霉菌、褐球固氮菌、康宁木霉和地衣芽孢杆菌组成。本发明的三元复合菌剂均是功能互补、酶系互补的高效转化菌群体系，复合菌剂Ⅰ进栏前发酵产热；复合菌剂Ⅱ养殖中生物除臭、抑制病菌、转化粪便；复合菌剂Ⅲ出栏后高温腐熟，养分原位保全。三元复合菌体系协同递进，实现了发酵床养殖的连续循环发酵工艺，促进了兽的健康清洁生产。