本发明公开一种虹吸式浮游动物饲料孵化和投饵系统及其使用方法。本发明包括饵料缸、养殖池以及连接管道，所述饵料缸包括孵化槽和虹吸投喂槽，孵化槽和虹吸投喂槽中间通过可以插放遮光孵化挡板的分隔槽分隔，分隔槽底部设有活虫分离槽口；两槽顶部分别设有饵料缸进水管，底部设有排水口；虹吸投喂槽中垂直设置饵料排出管和供气管道，供气管道底部分别向孵化槽和虹吸投喂槽设置供气嘴，饵料排出管顶部外套接一个虹吸管套，饵料排出管与养殖池的投递管道进料端相连接，投递管道输出端连接分散器。使用步骤包括孵化、投喂、清洗。本发明将孵化、分离杂质、投喂几个工作集中在一个系统中，节约了育苗的劳动力，提高喂料的效率。