本发明关于一种半导体元件及其制造方法及半导体封装结构。该半导体元件包括一半导体基板、至少一金属柱、一第一聚合物层及一第二聚合物层。该第一聚合物层包覆这些该金属柱的下半部，因此可降低这些该金属柱断裂及倒塌的风险。此外，该第一聚合物层及该第二聚合物层分别位于该半导体基板的二侧，可避免该半导体基板发生翘曲。