一种发电机内冷水处理系统及处理方法，通过将部分内冷水经过铵型混床旁流处理，以除去内冷水中的CO₂，使内冷水中的主要物质从NH₄HCO₃和H₂CO₃的混合物变为NH₃·H₂O和NH₄HCO₃的混合物，从而提高内冷水的pH至8.1～8.6，保证发电机铜线棒处在最佳的pH防腐蚀范围。通过连续监测内冷水氢电导率来监测其CO₂浓度，根据监测的氢电导率调节旁流处理量，使内冷水的氢电导率维持在0.4μS/cm～0.6μS/cm，内冷水的电导率控制在1.2μS/cm～1.5μS/cm。本发明具有系统简单、水质稳定、没有排污的特点，可使发电机内冷却水符合DL/T801-2010《大型发电机内冷却水质及系统技术要求》。