本发明公开了一种香港牡蛎薄壳新品系的制种方法。本发明结合香港牡蛎不同产地贝壳厚度存在差异，同一产地仍存在贝壳厚度多态性的生物学特征，根据贝壳厚度与出肉率负相关原则；通过不同产地贝壳厚度初次筛选、二次优选、优群自繁、定向纯化等技术手段，实现了数量性状与经济性状的协同选择，获得出高产、优质可稳定遗传的香港牡蛎薄壳新品系。本发明获得香港牡蛎薄壳新品系将传统养殖牡蛎13-17%的出肉率提高至22-25%，使其出肉率提高了30-90%，这为香港牡蛎养殖业产量提高奠定了坚实的实践基础。本发明具有操作简便、实用性强、易于推广等优点。