本发明提供了一种硬头鳟三倍体苗种的制备方法。本发明是将硬头鳟受精卵在7℃条件下，受精卵受精12-14min后移入浓度为240mg/L、温度为12-14℃的6-DMAP(6-二甲基氨基嘌呤)的溶液中浸泡处理14-16min后迅速移入孵化水体中正常孵化。50天左右，受精卵孵化出硬头鳟三倍体仔鱼。孵化期间受精卵发眼率为68%以上，苗种孵化率达到90%以上，得到的仔鱼经流式细胞仪检测，三倍体率达到81%。本发明提供的硬头鳟三倍体苗种制备方法，缓解了鲑鳟鱼养殖过程中由于长期的近亲繁殖和缺乏系统的选育,导致养殖个体出现了性早熟、个体小型化、病害滋生等问题，具有较好的市场价值。