本发明涉及一种海藻微生物肥水剂及其制备方法，属于水产养殖等技术领域。本发明所述的海藻微生物肥水剂由味精废液，海藻浆料和光合菌，放线菌，固氮菌和枯草芽孢杆菌复合，同时添加适量份数的壳聚糖，壳寡糖，微量元素及糖蜜发酵而成。所述海藻微生物肥水剂采用味精废液发酵而成，原料制备简单；含有高含量复合菌（枯草芽孢杆菌含量大于3亿/mL，光合菌、放线菌和固氮菌总含量大于1亿/mL），肥效显著；同时兼具净化水体功能；应用范围广泛，适用于海水和淡水养殖。