本发明涉及海产种苗繁育技术领域，特别是涉及一种马友鱼的工厂化育苗方法，其包括育苗用水的综合处理、受精卵的投放、育苗开口饵料的制备、育苗水质的生物调控管理、鱼苗的分级分池管理等步骤，通过对室内隔离育苗池的温度、光照、透明度、溶氧量、盐度、pH值、有害物质及病害生物等有效控制，优化育苗环境条件，增强鱼苗抗逆性和抗病能力，提高鱼苗品质和成活率。本发明解决了马友鱼育苗的关键技术，提供一种高效环保育苗模式，为海水养殖业增加新的高端养殖品种，填补了国内马友鱼育苗技术的空白。