本发明公开了一种根茎类中药材的根土分离机，包括机架、下料箱、收集箱、柔性输送机构、柔性碾压机构、柔性击打机构、抖动脱土机构、传动机构和电机。上述中的各个部件和机构互相连接后，当中药材自下料箱落入柔性输送机构时，中药材的根土复合体将依次受到碾压、击打、撞击和抖动等，从而令中药材的根部与泥土逐步分离。本发明由于使用机械化对中药材进行根土分离处理，减少了人工操作，从而大大提高了生产效率，降低了劳动强度，且减少了中药材的损伤率。