本发明提供了一种水泥余热发电站全自动控制方法和系统，在中控室设置一键启动，按照压缩空气系统、化水系统、循环水系统、油系统、凝结水给水系统、锅炉除灰系统、锅炉烟风系统、抽真空系统、大旁路系统、汽轮机系统和并网系统的顺序启动，系统安全稳定运行。本发明在中控设置一键启动按钮，减少机组运行维护人员，操作简单；同时分系统启动，只有各系统安全稳定运行后，下一个系统才被允许启动，不但增强系统的安全性，故障发现和排除效率提高，而且运行时可使机组维持在最经济点附近，提高经济效益。