本发明公开了一种铬污染海水的生物处理方法，将成体菲律宾蛤投入铬浓度在100μg/L-500μg/L的铬污染海水中养殖10-20天，取出菲律宾蛤，放入铬浓度≤15μg/L的海水中暂养15-20天；收集在铬浓度≤15μg/L的海水中暂养后的菲律宾蛤，对菲律宾蛤的肉及壳进行分离，壳粉碎后作为建筑填料使用。本发明利用菲律宾蛤能吸附海水中铬而不死亡的特点，采用养殖菲律宾蛤对海水中的铬进行吸附，使用方便，能耗低，处理效果好，具有重大的经济效益、社会效益和生态效益。