本发明公开了一种机载双波段干涉合成孔径雷达系统及利用该系统来测量植被厚度信息的方法，所述机载双波段干涉合成孔径雷达系统包括载机平台、天线系统、稳定平台和分布式POS，所述的天线系统包括一个L波段主收发天线、两个L波段副收发天线和一个Ka波段收发天线组，所述方法包括：将所述的L波段主、副收发天线基线作为柔性长基线，利用分布式POS测量这三个天线相位中心的位置，得到天线相位中心在成像期间的时变信息，同时，将所述Ka波段收发天线利用稳定平台进行波束稳定和指向控制；将各个天线接收到的信号结合POS数据分别成像处理；对所述L波段和Ka波段的成像结果进行干涉处理，分别获取目标场景DTM和目标场景DSM；将所述DTM和DSM进行相减得到植被厚度信息。本发明拓展了机载雷达在微波遥感领域的应用范围。