本发明涉及一种纳米分子筛微球催化剂的制备方法，该方法包括以下步骤：将拟薄水铝石、硅溶胶、磷酸和模板剂在可转动反应罐中混合，可转动反应罐绕水平中心轴转动，在100-160℃加热成核，成核时间为2-4h，然后加入耐磨载体和水，在150-180℃微波加热晶化40-80min，制得纳米分子筛微球催化剂。与现有技术相比，本发明工艺简单，适合于生产。制备的纳米分子筛催化剂均匀度高，具有高比表面积，催化剂活性高的特点。其应用于甲醇、二甲醚制低碳烯烃的反应中，具有磨耗低的特点，有利于工业化生产。