本发明公开了一种基于MEMS结构的自保护微波均衡器，包括衬底、设置在衬底上的共面波导传输线、悬臂梁锚区、悬臂梁、第一吸收电阻、第二吸收电阻、第一传输线枝节、第二传输线枝节，共面波导传输线由共面波导信号线和关于共面波导信号线对称设置的第一共面波导地线和第二共面波导地线组成，悬臂梁锚区设置在共面波导地线上，悬臂梁的一端设置在悬臂梁锚区上，另一端对应悬空在共面波导信号线的上方，第一吸收电阻和第二吸收电阻放置在相距四分之一波长的位置，第一吸收电阻的一端与共面波导信号线相连。本发明实现了微波均衡器的自保护功能，提高了整个器件的可靠性，有效延长了其使用寿命，大大拓展了器件的应用前景。