本发明涉及一种低硅纳米SAPO-34分子筛的合成方法，将硅源、铝源、模板剂R、去离子水、磷源按顺序混合，得到一凝胶混合物；将该凝胶混合物装入内衬为聚四氟乙烯的不锈钢高压反应釜中，密闭后放入烘箱，进行第一步传统水热晶化；向第一步传统水热晶化液中加入分散剂S并搅拌0.5～4小时，移入内衬为聚四氟乙烯的反应釜中，密闭后装入微波反应器，进行第二步微波水热晶化；洗涤、干燥、焙烧即得到纳米SAPO-34分子筛。与现有技术相比，本发明大幅降低晶化温度、缩短整个合成工艺的时间。该纳米分子筛可以广泛应用于烃类的转化，分离和吸附，尤其在甲醇制烯烃过程中具有高转化率、高低碳烯烃的选择性、低积碳速率、反应寿命长等优点。