本发明属于土壤污染的原位修复技术领域，特别涉及一种微波辅助SVE去除土壤中有机污染物的系统及方法。在待修复土壤内注入微波吸附材料，并在带修复土壤区域的表面铺设不透气覆盖膜；在待修复土壤区域内设置1个或多个抽气井，并在抽气井的理论覆盖范围内，设置若干个空气注射井、监测井和注水管道。该方法以微波为热源，使土壤中的各种有机污染物通过挥发、分解机理得到初步处理，有助于土壤颗粒中吸附态有机物的解吸，加速VOCs蒸汽态形成；抽提出来的蒸汽经地面废气废水处理装置处理，达到修复有机污染土壤的目的。该技术成本低、可操作性强、可采用标准设备、处理有机物的范围宽、不破坏土壤结构、不引起二次污染等优点，具有广阔的应用前景。