本发明公开了一种具有减害作用的天然产物粉复合颗粒的制备方法及在卷烟滤嘴中的应用。将咖啡粉、增甜天然植物粉甘草粉，乌梅粉，甜叶菊粉或其混合物、珍珠粉与多孔玉米淀粉按照一定比例均匀混合，用含有葡萄糖，果糖，麦芽糖或其混合物的去离子水润湿，之后通过湿法造粒、微波定型、微波烘干、过筛，得到高强度的天然产物粉复合多孔淀粉晶状颗粒。将其加载于卷烟滤棒中，制成二元或三元复合滤棒，可降低烟气中焦油、CO等有害成分的含量并降低致癌物苯并[a]芘、苯酚等，同时增加烟气中珍珠粉特有氨基酸等营养成分的含量。