本发明公开了一种核苷连萘二酰亚胺衍生物及其制备方法和其在制备抗肿瘤药物制剂中的应用。该衍生物的制备方法为：（A）制备2-溴-1,4,5,8-萘四甲酸二酰亚胺和2,6-二溴-1,4,5,8-萘四甲酸二酰亚胺；（B）将2-溴-1,4,5,8-萘四甲酸二酰亚胺与氨基取代核苷化合物混合，溶解于三乙胺，在微波辐射下反应，反应液经柱层析分离，得化学通式如（I）；（C）将2,6-二溴-1,4,5,8-萘四甲酸二酰亚胺与氨基取代核苷化合物混合，溶解于三乙胺，在微波辐射下反应，再加入脂肪胺、芳香胺或氨基取代核苷的一种，反应液经柱层析分离，得化学通式如（II）。