本发明公开了一种改性淀粉及其制备方法和应用。本发明的改性淀粉的制备方法包括将淀粉用有机溶剂分散后再加入水混合均匀配制成淀粉悬浮液，采用微波或超声波处理即得改性淀粉。本发明所得的改性淀粉颗粒内部的结晶区大大降低，结晶度为由15％-45％降低到8％-30％。结晶度降低之后木薯淀粉用于制备双醛淀粉、羟丙基淀粉与辛烯基琥珀酸淀粉酯，其反应活性明显提高。