本发明涉及一种磷酸钙纳米结构及其制备方法，所述方法以水溶性钙盐作为钙源、含磷生物分子作为磷源，通过微波辅助水热反应制得所述磷酸钙纳米结构粉体，其中所述含磷生物分子为磷酸果糖或磷酸果糖盐。发明制得的无定形磷酸钙纳米多孔球、羟基磷灰石纳米棒、以及无定形磷酸钙/羟基磷灰石复合纳米球三种不同的纳米结构可广泛应用于生物医学以及组织工程等领域。