一种海马循环水育苗系统的微生态调控方法，由养殖用水微生态控制、放苗处理和生物饵料处理构成，其特征是微生态控制是在育苗系统中的机械过滤处理之后，生物包处理之前设消毒设备对养殖用水进行消毒；放苗前，向水中加入硝化细菌，并运转40天以上；放苗后，控制养殖用水在生物包中的停留时间在10秒到15秒，使水中有益菌保持优势种；生物饵料处理是在卤虫休眠卵孵化前，用10ppm漂白粉消毒，冲洗干净后进行孵化，并在孵化用水中加入1×10⁵/mL浓度的枯草芽孢杆菌；孵化出的无节幼体暂养和营养强化过程中，同样采用加入1×10⁵/mL浓度的枯草芽孢杆菌的海水，芽孢杆菌总计处理时间在36小时以上，再将处理过的卤虫幼体投喂给海马幼体。