本发明提供一种菰茭草与中华绒螯蟹、藕、菱、芡轮作种养生态恢复方法，其方法步骤如下：1)选择适合菰茭草扦插的水域并做清杂处理，在当年4月中下旬扦插菰茭草种苗，生长2-3年后进行收割；2)菰茭草收割后，对种植菰茭草的水域四周进行加固处理并架设防逃网，于次年早春投放中华绒螯蟹蟹苗并养殖一年，于10月中旬收获成蟹；3)中华绒螯蟹收获后，于次年春季4月初在养殖过中华绒螯蟹的水域进行藕、菱、芡的种植，种植时间为1-2年；4)浅水藕、菱角、芡实采摘后，对水域做清杂处理，再种植菰茭草进行轮作。本发明的轮作栽培生态恢复方法，利用合理的轮作种养，达到湿地生态的恢复；藕、菱、芡的耐重茬性差，合理轮作，起到有益互补的作用；种养轮作模式的形成实现种养殖对水体的零污染或负污染。