本发明公开了属于有机化学合成技术领域的一种含吡啶结构的苯甲酰基硫脲类化合物及其制备方法和应用。本发明以卤代苯甲酰氯和硫氰酸盐为原材料，在有机溶剂中经微波辅助反应，形成苯甲酰基异硫氰酸酯，然后苯甲酰基异硫氰酸酯在微波辅助下与2-氯-4-氨基吡啶反应得到含吡啶结构的苯甲酰基硫脲化合物，其通式如（Ⅰ）所示。本发明制备的化合物对于革兰氏阴性细菌和革兰氏阳性细菌以及真菌具有良好的生物活性，本发明的方法利用微波辅助反应缩短了反应时间，降低能耗。