本发明涉及微波辅助制备羟基磷灰石空心球，以水溶性钙盐作为钙源、含磷生物分子作为磷源，通过微波辅助水热反应制得所述羟基磷灰石空心球结构，其中，所述含磷生物分子为磷酸肌酸或磷酸肌酸盐。本发明中，含磷生物分子本身生物降解性能好，环境友好。本发明制得的羟基磷灰石空心球结构可广泛应用于生物医学以及组织工程等领域。本发明的方法对扩展磷酸钙类生物材料的制备具有重要的科学意义和应用价值。