本发明公开了一种同时对蓝藻进行脱毒和脱水的方法，具体包括以下步骤：调节蓝藻的pH为酸性；向酸性的蓝藻中加入氧化剂，然后进行微波辐射处理；将经过微波辐射处理的蓝藻进行压滤脱水，完成对蓝藻的处理。本发明可对大批量打捞的蓝藻进行脱毒和快速脱水处理，设备简单，使用成本低，操作维护方便，脱水程度高，蓝藻体积大大降低，脱毒彻底，不产生二次污染，具有广阔的应用前景。