本发明公开了一种快速降解高分子量聚氨基酸、胶原和蛋白质的方法及其应用，即在微波加热条件下，由于微波热效应和非热效应的影响，高分子量聚氨基酸、胶原和蛋白质的降解速度大大提高，可以达到传统水热体系的2倍以上，通过调控体系温度和pH值还进一步提高到90倍以上。本发明采用的微波辅助降解技术具有能耗低、效率高和易实现连续化规模生产的显著特点，有望进一步拓展高分子量聚氨基酸、胶原和蛋白质的应用领域并提高其应用价值。