本发明属于农业微生物利用技术领域，具体涉及一种利用蝇蛆处理赤霉素发酵残渣获得昆虫蛋白和有机肥的方法。本发明包括以下步骤：首先将赤霉素发酵残渣与重量百分比为10-60%的植物纤维性辅料混合，利用酵母菌进行厌氧发酵，得到蝇蛆培养料；其次在蝇蛆培养料中接种蝇卵进行养殖，养殖期间内控制温度20℃～35℃，养殖时间为3～6天，分离得到活蝇蛆与处理后的发酵残渣，其中的活蝇蛆既可直接用于喂养家禽或烘干后作为昆虫蛋白，处理后的出霉素发酵残渣作为生物有机肥使用。本发明能有效去除发酵残渣中农药残留等有害物质，经过处理后的混合物无异味，可做优质有机肥使用；蝇蛆粉含粗蛋白50-60%，适用于禽类或鱼类的饲料添加剂，可提高资源化利用的效率。