本发明属于医疗器械领域，提供了一种基于软轴驱动的艾灸治疗自动温控系统，包括执行单元，传动软轴和驱动单元以及电子控制单元。本发明将工作部分艾条固定端采用软轴传动，将机电及其控制部分与工作部分开，极大的减轻了支撑结构的承载负担。同时通过非接触的红外测温手段完成对艾灸治疗作用点温度的实时监测，反馈给控制部分采用软轴传动使工作部分水平移动来调整火斑与皮肤之间的距离达到调控温度，采用本发明使整个艾灸治疗仪轻便、灵活，控制温度精确，治疗作用点稳定可靠。