一种淡水复合微生物底改剂，属于淡水养殖中的生物技术领域。该底改剂是以纳豆芽孢杆菌菌粉、乳酸菌菌粉、丁酸梭状芽孢杆菌菌粉、生物絮凝剂及产氧剂混合，搅拌均匀而成。本发明的底改剂利用生物絮凝剂本身的絮凝作用将养殖水体中的有机污染物絮凝形成底泥后，通过好氧菌、兼性厌氧菌和严格厌氧菌的强烈分解作用分解底泥中的有机絮凝物，从而改善淡水养殖水体底泥质量，具有生物分解性和安全性且高效、无毒、无二次污染的特点。