本发明公开了一种两端开口式多层医疗器械消毒灭菌盒，所述消毒灭菌盒包括两端开口的盒体，以及用于封闭盒体两端开口的盒盖，所述盒体上设置有多个透气孔，所述盒体内部沿轴向依次设置有至少一个水平放置的可翻转放置架，可翻转放置架将盒体内部分隔成多个层叠空间，本发明由于设计成多层结构，同时内部的放置架还可以翻转，因此可以将不同大小和数量的医用器械放置在不同的空间中，从而本发明可使更多的医疗器械放入盒内消毒灭菌，有效的利用了消毒盒内的空间，省时省力，并且结构简单，使用方便。