本发明公开了一种治疗脑卒中的药物组合物及其制备方法，该药物组合物由荭草花提取物和药学上可用的辅料制备而成，所述的荭草花提取物是将荭草花经水提后的药渣在二氯甲烷-甲醇的混合溶液中浸提而得，其能够激活内源性神经干细胞，增加缺血区新生血管，改善缺血区脑供血，促进神经功能恢复，可开发成药物制剂，用于缺血性脑卒中的治疗。