本发明公开了一种治疗类风湿性关节炎的微囊及其制备方法，属于基因治疗领域。本发明治疗类风湿性关节炎的微囊，为包裹转IL-1Ra基因的骨髓间充质干细胞的海藻酸-聚赖氨酸-海藻酸微囊，其直径在200μm左右。本发明微囊的选择通透性膜可以使小分子营养物质和代谢产物及生物活性物质可以自由出入，使微囊内的细胞能长期存活，并将持续表达IL-1Ra蛋白分泌到微囊外，且可以隔离具有杀伤性的抗体，避免机体对囊内细胞的免疫反应起到免疫隔离作用，提高基因治疗类风湿性关节炎的效果。